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    聚丙烯酰胺凝膠與瓊脂糖凝膠電泳的區別
    DNA電泳一般使用的都是瓊脂糖凝膠電泳,電泳的驅動力靠DNA骨架本身的負電荷。
    蛋白質電泳(一般指SDS-PAGE)一般使用的都是聚丙烯酰胺凝膠電泳,電泳的驅動力靠與蛋白質結合的SDS上所攜帶的負電荷。
    所以相同點就是樣品都是帶負電荷的,從負極向正極移動,移動的距離都和樣品的分子量有關。而且這兩個電泳體系可以互相交換使用。進行大分子蛋白質電泳時,可以考慮換用瓊脂糖凝膠,因為該體系孔徑大。相反,如果需要精確到各位數堿基的DNA電泳也可以使用聚丙烯酰胺凝膠系統,因為使用該系統可以將相差一個堿基的兩條DNA鏈分開。
    不同點首先是樣品不同。這個就不用多說了。其次是結果的觀察方法不同。DNA電泳普遍使用EB做染料,在紫外燈下觀察;而蛋白電泳使用的考馬斯亮藍染色,還需要經過脫色步驟,不過觀察起來比較簡單。還有就是膠體系的差別,DNA電泳通常是一膠跑到底,而蛋白質電泳則會有分離膠和濃縮膠之區別。
    電泳中樣品移動的本質確實是樣品所攜帶的電荷。但是,區分這些條帶直接可以用分子量而無需使用電荷數,是因為這些樣品的電荷/分子量比都是恒定的了。以DNA分子為例,它在電泳中的移動是靠其骨架中磷酸所攜帶的負電荷來實現的,而這個磷酸分子又是每一個核苷酸中都有的,所以DNA分子所攜帶的負電荷數是由其核苷酸總數決定的。而且,DNA分子中核苷酸的組成動輒成百上千,在如此大的分子量面前,討論單個核苷酸之間分子量的差別就顯得毫無意義。這樣,DNA分子中負電荷的量就可以用DNA的分子量來代替,反過來,DNA的分子量也就可以用DNA分子所攜帶的電荷來代替(一句話,DNA分子的電荷/分子量比是恒定的)。
    這在蛋白電泳中(特別是SDS-PAGE中)是一樣的。在SDS-PAGE中,SDS將蛋白質變性成直線分子并緊密包裹于其上,使得其所攜帶的電荷與蛋白分子量成了一定的比例,剩下的就和核酸電泳一樣了。

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